تعیین مشخصات مولکولی و تبارزایی ویروئید لکه زردی-۱ مو (grapevine yellow speckle viroid-۱) از تاکستان های شمال غرب کشور

به­منظور تعیین مشخصات مولکولی و بررسی ساختارهای ثانویه ویروئید لکه زردی- 1 مو، 137 نمونه از تاکستان­های استان­های اردبیل، آذربایجان­­­ شرقی و آذربایجان­ غربی جمع­آوری گردید. اسید نوکلئیک کل از بافت برگ نمونه­ها استخراج و پس از ساخت دی­ان­ای مکمل با استفاده از آغازگر شش­نوکلئوتیدی تصادفی، طول کامل این ویروئید با روش پی­سی­آر و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ویروئید لکه زردی -1 مو،  تکثیر شد. محصول پی­سی­آر پس از همسانه­سازی در حامل pgemt-easy، تعیین­توالی گردید. نتایج نشان داد که واریانت­های شناسایی­شده در این تحقیق، دارای 367 یا 368 نوکلئوتید هستند و در مجموع هفت واریانت جدید از این ویروئید تشخیص داده شد. درخت تبارزایی نشان داد که واریانت 6 مشابه اعضای تیپ یک این ویروئید و شش واریانت بعدی در کنار تعدادی جدایه و واریانت دیگر تشکیل یک تیپ جداگانه (به­نام پیشنهادی تیپ 4) را می­دهند. در ساختار ثانویه واریانت­های به­دست­آمده در این تحقیق، بیشترین تفاوت در منطقه متغیر و قسمت انتهایی چپ قرار داشت. ویروئید لکه زردی-1 مو برای اولین بار از استان­های آذربایجان­شرقی و اردبیل گزارش می­شود.